Sollte kein Problem sein. =)

Du willst deine Pokemon mit dem Pokeporter von Perle auf Schwarz übertragen, richtig?

Na ja, in Pokemon Schwarz und Weiß gibt es den Pokeporter, mit dem man Pokemon aus der vierten Generation auf sein Modul übertragen kann, da Schwarz und Weiß ja die neuste/fünfte Generation sind. Heißt in dem Fall, dass deine Pokemon bei einem Tausch von Generation 4 (Perle, Diamant, Platin, Heartgold und Soulsilver) auf ein Spiel der Generation 5 (Schwarz, Weiß, Schwarz 2 und Weiß 2) ein One-Way-Ticket buchen und du sie nicht mehr auf das Ursprungsmodul zurücktauschen kannst. (Ähnlich wie der Park der Freunde in der vierten Generation, bei dem man bei eingestecktem Generation 3-Modul (Rubin, Saphir, Smaragd, Feurrot und Blattgrün) sich pro Tag 6 Pokemon tauschen konnte.)
In diesen Fällen findet kein Tausch sondern eine Übertragung statt. Tauschen ist immer nur innerhalb der Generation möglich.

Von daher sei der Schritt gut überlegt, aber an der Antwort zu deiner ursprünglichen Frage ändert sich nichts: DS und 3DS XL sollten problemlos miteinander kommunizieren. =)